Дирекция института получила разрешение вернуться коллективу в Москву, однако здание института было занято воинской частью. По возвращении Ф.И. Пикалова в Москву воинская часть освободила часть помещения института, и сотрудники, находящиеся в то время в Москве, приступили к работе. По вызову института в Москву возвратилась бригада из Алма-Аты, к сожалению не в полном составе — после тяжелой болезни в Алма-Ате умер А.М. Селькин. Вскоре стали возвращаться из экспедиций и другие сотрудники.
Частичная реэвакуация в Москву состоялась уже в марте 1942 г. после разгрома вражеских войск под Москвой и была полностью завершена в 1943 г. О жизни коллектива свидетельствуют приказы по институту; приказом от 14 февраля 1942 г. Н.Д. Кременецкий зачисляется консультантом кабинета орошения по Заволжью.
Герои Победы
Дудкин Павел Аксентьевич
Награжден орденом Красной Звезды (1943 г.), Отечественной войны 2-ой степени (1945 г.) и медалями.
Емельянов Валентин Александрович
Награжден орденами Отечественной войны 2-ой степени, «Знак Почета», медалями «За победу над Германией в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.», Двадцать и Тридцать лет Победы в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.», «50 и 60 лет Вооруженных Сил СССР», «За доблестный труд» и др. медалями ВДНХ СССР